Ctrl + Shift + SpaceでScanSnap Managerのダイアログが開いてしまう場合の対策

2) PfuSsMon32.cfg ファイルを、メモ帳などで開き、以下の項目
　(IsRegist_HotKey=0)を追加してください。

　[CONFIG_C]
　IsRegist_HotKey=0

http://aide-memoire.seesaa.net/article/20699317.html

リンク先は2006年の記事なので、ScanSnap ManagerかSpanSnap本体のバージョンアップに伴って場所が変わっているようだ。
iX500に付属してきたScanSnap Managerの場合、同ディレクトリのSsCommon.cfgに同様の設定を書くことで抑止できた。